В 1922 и 1930 гг. состоялось изъятие церковных ценностей: сняты серебряные ризы с икон Спасителя, Божией Матери и Николая Чудотворца, изъяты предметы церковной утвари.
31 июля 1930 года был подписан акт о ликвидации храма, а через год здание церкви передано Григоровскому совхозу. Дальнейшая судьба церкви напоминает горькую участь многих российских храмов. До Великой Отечественной войны в нем был клуб ветеринарного техникума. В годы оккупации — гараж для легковых машин Испанской «голубой» дивизии. Звонница храма служила смотровой площадкой, на которой были установлены пулеметы. После освобождения Новгорода от гитлеровских войск — временный госпиталь. Как вспоминает медсестра этого госпиталя, ветеран войны С. Ф. Чайковская, купола на церкви не было, в алтаре была устроена операционная. Чтобы обогреть помещение при 43 градусах мороза, наливали в таз спирт и поджигали. Госпиталь простоял в церкви 2-3 недели, а затем его перевели в одно из зданий техникума. После войны в церкви располагался магазин, затем склад.